Штат службы охраны насчитывает 25 человек, из них 22 - специализированная государственная инспекция по охране заповедника. В свою очередь, инспекция подразделяется на оперативные группы и кордоны. Всего по периметру заповедника расположено 5 кордонов. Основные их задачи - обеспечение базирования групп, работающих на территории заповедника, обеспечение прохождения групп по экологическому маршруту, содержание коней, сбор оперативной информации по нарушениям режима и лесным пожарам, метеорологические наблюдения. Мобильные оперативные группы (их в заповеднике три) занимаются выявлением и задержанием нарушителей режима заповедника и его охранной зоны, тушением лесных пожаров, учётами животных. Кроме того, оперативным группам предоставлены права инспекции по охране Кыринского лесхоза, что позволяет им проводить контроль за соблюдением природоохранного законодательства на территории всего Кыринского района.
Инспекция имеет единую форму одежды со знаками различия, вооружена табельным оружием, оснащена необходимым автотранспортом, радиосвязью, спецсредствами.

Сохондинский заповедник имеет немалый опыт работы в экологическом образовании населения. Работа со школьниками была и будет оставаться одним из приоритетных направлений в экологическом просвещении. С 2000 года ежегодно заповедником проводится районный эколого- краеведческий конкурс "Мир дикой природы". Победители конкурса получают право на прохождение по экомаршруту.

Экологическое воспитание начинается с детского сада, с этой целью с 2000 года для дошкольников введен экологический факультатив "Росинка", который ведет специалист отдела ЭП. Экологическое движение "Друзья заповедных островов" позволило привлечь внимание учащихся 5-6-7 классов. Для старшеклассников в течение года проводятся экологические шоупрограмы, такие как "Звездный час", "Брейн-ринг", "Поле чудес", а также экоКВН. С 1999 года издается экологическая страница для детей и взрослых "Сохондинский вестник", как приложение к районной газете "Ононская правда". Материалы сотрудников заповедника печатаются в областных газетах, "Заповедные острова", "Заповедный вестник". Программой "Московский тракт" ЧТГРК были сняты видиофильмы о заповеднике "Багряный зов", "Чаша богов", "Хранитель священной чаши", "Озеро сохатых", а фильм "Тропою Палласа" получил поощрительный приз в г. Сондрио (Италия) на международном кинофестивале документальных фильмов по охраняемым природным территориям.
Сотрудники отдела ЭП регулярно проводят выездной "День заповедника" в сельских школах района. В летний период особенное внимание отводится экологическому маршруту "Тропою Палласа" и проведение лекций, бесед о заповеднике, показ видеофильмов в летнем оздоровительном лагере "Солнышко".

Научно-исследовательская работа начала вестись в заповеднике практически с начала его существования. Самый первый научный труд - обоснование создания заповедника - "проект организации Сохондинского заповедника", написанный в 1973 г.
Зарождение отдела научных исследований относится к первым годам становления заповедника, начиная с 1972 года. Члены проектной экспедиции под руководством Р.Ф. Штильмарка сделали первые достаточно подробные описания животного и растительного мира заповедника. С 1978 года регулярно ведётся "Летопись природы". С начала функционирования заповедника вышло 25 томов Летописи природы.
В 1979 г. заложен первый постоянный зимний маршрут длиной 58 км, который был проложен по рекам Букукун и Ингода; второй маршрут длиною 135 км был организован в 1980 г. и охватил байкальский бассейн заповедника (р. Енда, Буреча и Киркун), где ежегодно проводится зимний учетный маршрут по учету млекопитающих и птиц.
С присвоением в 1984 г. статусу заповедника биосферного повысился уровень требований к научно-исследовательским работам на его территории и прилегающей зоне. Была создана сеть стационаров - "Кыра", "Бунинда", "Верхний Букукун", на которых заложены маршруты по комплексным мониторинговым работам для изучения изменений процессов протекающих во флоре и фауне юга Восточного Забайкалья.
Создание Цасучейско-Торейского заказника, как филиала Сохондинского заповедника, а позже и создание Даурского заповедника произошло в 1987 г.
В 1994 году с привлечением орнитолога заповедника проведены исследования орнитофауны для обоснования по созданию Ивано-Арахлейского заказника.
В 1996 году создана охранная зона Сохондинского заповедника.
В 1997 г. вышло эколого-фаунистическое обоснование национального парка "Алханай" - фактически первая сводка по Алханаю. В данном материале обобщены результаты исследований комплексной экспедиции второй половины июля 1996 года с привлечением специалистов заповедника.
Заслуга сотрудников отдела состоит также в подготовке двух томов Красной книги Читинской области и Агинского Бурятского автономного округа (растения и животные) в 2000-2003 гг.
Комплексные исследования степной зоны Кыринского, Акшинского и Ононского районов, начатые в 1994-1996 гг., далее были продолжены и с 2001 г. проведена подготовка материалов с целью заповедания степных участков Кыринского района и создания заказников "Горная степь" и "Ульхан-Майхан". Созданный в 2003 г. степной заказник "Горная степь" прилегает к территории национального парка Монголии "Онон-Бальдж" и служит уникальным резерватом забайкальских горных степей.
Также с помощью сотрудников отдела, была подготовлена существенная часть программы "Основные направления рационального использования природных ресурсов, охраны окружающей среды и природоохранной деятельности Кыринского района на период до 2005 года".
Сотрудники отдела неоднократно принимали участие в совместных экспедициях с монгольскими специалистами как на территории Монголии, так и заповедника. Участвовали в обосновании и создании Онон-Бальджинского национального парка Монголии в соседнем с Кыринском районом Хэнтэйском аймаке.
Разработана и осуществляется полевая практика студентов Заб ГПУ на базе заповедника. Ботанические и зоологические исследования на базе заповедника проводили иностранные специалисты Японии, Америки, Австрии.

Обширные геоботанические и флористические исследования на территории заповедника, начатые в 1982 г. А.В. Галаниным, И. Ефимовой, А.В. Беликович и Н.С. Проскуриной, были продолжены в 2000-2004 гг. А.В. Галаниным и А.В. Беликович (Владивосток) Переописано свыше 50 пробных геоботанических площадей заповедника, собран большой фактический материал с подробным анализом и глобальными выводами по аридизации исследуемой территории. Огромная заслуга А.В. Галанина и А.В. Беликович в проведении геоботанических работ по описанию растительности степной Даурии за последние годы. Геоботанические работы проводятся с привлечением таких ведущих специалистов как И.Н. Сафронова (Санкт-Петербург), а также геоботаников Новосибирска, Читы, Японии, Америки.
Помимо орнитофауны заповедника и Кыринского района, описана орнитофауна Чикойского, Улетовского, Хилокского, Петровск-Забайкальского, отчасти Акшинского, Ононского, Борзинского, Балейского, Нерчинского, Сретенского и Читинского районов.
Налажен выпуск периодического издания "Природа Сохондинского заповедника". Вышли в свет книги "Геоботанические пробные площади Сохондинского заповедника" и "Членистоногие Сохондинского заповедника".
Большой вклад в организацию научных работ внесли бывший директор заповедника, орнитолог А.А. Васильченко, его заместитель по научной работе ботаник А.В. Галанин. Огромную работу проделали ботаники Б.И. Дулепова, Н.В. Уманская, З.А. Васильченко, климатолог М.А. Русских, почвовед В.М. Остроумов. Обширные учетные работы провели зоолог П.В. Баранов, собравший оригинальный материал по бурому медведю, а также орнитологи В.Н. Сметанин, М.И. Орлов, А.В. Беликович, Е.Э. Малков, териологи Н.С. Проскурина, В.А. Иванова (Орлова), И.Н. Белов и другие сотрудники.
На данный момент из стен заповедника, будучи штатными сотрудниками научного отдела, вышло двое докторов и пять кандидатов биологических наук.